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学校现有教育部重点实验室1个，国家中医药管理局重点研究室3个，国家中医药管理局三级实验室10个，省重点实验室3个，省普通高等学校重点实验室4个，黑龙江省校企合作工程技术中心2个，科技部中医药国际科技合作基地1个，国家中医药管理局中医药国际科技合作基地1个，黑龙江省中医药国际科技合作基地1个，黑龙江省科技创新平台1个。

现为国家“973计划”项目首席科学家单位。“十五”以来，获得各级各类科研课题立项2418项，其中国家“973”项目4项、“863”项目1项;获得各级各类奖励806项，其中国家技术发明二等奖1项、国家科技进步二等奖8项、高等学校科学研究优秀成果奖(自然科学类)一等奖1项、高等学校科学研究优秀成果奖(科技进步类)一等奖1项、中国中西医结合学会科学技术奖一等奖5项、黑龙江省科学技术奖(自然科学类)一等奖6项、黑龙江省科学技术奖(科技进步类)一等奖6项，黑龙江省科学技术奖(技术发明类)一等奖1项。

学校培养的博士撰写的论文分别于2008年和2012年获得教育部、国务院学位委员会“全国优秀博士学位论文”。在中药血清药物化学研究、中药天然药物药效物质基础研究方面处于国际先进水平，在方剂配伍规律、针灸作用机理研究和中医药治疗内科、妇科、肾病等重大疾病的临床研究方面处于国内领先水平。